Lahirnya Program Studi Magister Ilmu Hukum Fakultas Hukum Universitas Syiah Kuala, berawal dari Program Pendidikan Kegiatan Pengumpulan Kredit (KPK) S2 Ilmu Hukum USU-Unsyiah. Program ini hasil kerja sama Dekan Fakultas Hukum Unsyiah dan Dekan Fakultas Hukum Universitas Sumatera Utara. Ditindaklanjuti kerja sama Program Pascasarjana Unsyiah dan Program Pascasarjana USU No. 1172/J11-DN/1999 tentang Penyelenggaraan Program Pendidikan Kegiatan Pengumpulan Kredit (KPK) S2 Ilmu Hukum USU-Unsyiah, ditandatangani pada 26 Juli 1999 di kampus Unsyiah Darussalam, Banda Aceh oleh Direktur Program Pascasarjana USU, Dr. Ir. Sumono, M.S. dan Koordinator Program Pascasarjana Unsyiah, Prof. Dr. Ir. Abdi A. Wahab, M.Sc. Dasar penjanjian sendiri berdasarkan MoU antara Rektor USU dan Rektor Unsyiah, tanggal 25 Juni 1997 di kampus USU, Medan.
Pada tahun 2003, Program KPK S2 Ilmu Hukum ini, kemudian berubah menjadi program studi mandiri, sesuai Surat Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi No. 1437/D/T/2003 tertanggal 9 Juli 2003 —terakhir diperpanjang dengan Surat Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 14554/D/T/K-N/2013 tanggal 13 Februari 2013. Terakhir, berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), No. 4023/SK/BAN-PT/Ak.Ppj/M/V/2024 tanggal 7 Mei 2024, Prodi MIH FH USK terakreditasi dengan Akreditasi Baik Sekali.